С 2002 года ЦКП ФНИЦ «Кристаллография и фотоника» РАН выполняет работы в рамках Федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России». За это время были успешно выполнены 7 государственных контрактов № 02.451.11.7003 (2005-2006 гг.), № 02.552.11.7011 (2007-2008 гг.), № 02.552.11.7023 (2008-2009 гг.), № 02.552.11.7062 (2009-2010 гг.), № 16.552.11.7041 (2011-2012 гг.), № 16.552.11.7077 (2012-2013 гг.), № 14.621.21.0005 (2014-2015 гг.).
В настоящее время ведутся работы по государственному контракту № 075-15-2019-1645 от 01 ноября 2019 г.