В соответствии с Уставом ФНИЦ «Кристаллография и фотоника» РАН осуществляет образовательную деятельность по основным профессиональным образовательным программам высшего образования — программам магистратуры; программам подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре; основным программам профессионального обучения.
Центр имеет давние и тесные связи с ведущими российскими ВУЗами, студенты которых принимают активное участие в практикумах и стажировках, организуемых в структурных подразделениях ФНИЦ.